Обычно bbCode перед попаданием в БД (либо при получении из БД) изменяют на валидные html-теги.
UPDATE
комментарии должны быть словесными и использоваться ключевые слова страницы
Обычно всё так и происходит. Посмотрите на здешние ответы и комментарии. Отвечают ли ИТ тематики ресурса? - да. Используют ли ключевые слова, которые указаны в title, keywords, description и в теле сайта? - да. Несложно привести любой другой ресурс, где эти правила естественным образом будут соблюдатся. К примеру, спортивный - в комментариях к статье, собственно, обсуждается описанное событие.
Давно прошли те времена, когда было модным искусственно создавать SEO-кольца (в том числе и скрытые) и иные "штуки-дрюки". Косвенно к данному подходу можно отнести колонку "Связанные вопросы", которую Вы наблюдаете справа. И всё же, данный блок стоит отнести скорее к юзабилити. Нынче упор делается на качестве/уникальности контента и юзабилити.
По вопросу: Вы собираетесь парсить bb-коды на клиенте? Если да, то хотел бы Вас предостеречь - поисковики не умеют в достаточной мере понимать js. Да, существуют попытки google исправить это недоразумение, но скорее всего, это ограниченный набор сценариев, и главное, как дела с этим у яндекса, рамблера (используется яндекс-бот),...
Проблема стала особенно острой, когда стал повсеместно использоваться SPA подход.
Язык упрощённой разметки bbCode, это без пяти минут уже история (legacy). Используйте Markdown. Вполне возможно, в ближайшие коды он станет html стандартом, т.е. браузеры нативно научаться без проблем парсить его.