Вижу что некоторые верстают используя padding для элементов flex контейнера, но есть же gap, который работает и у flex и у grid.
Отступы в виде padding уже полностью устарели или у них есть какие-то преимущества к примеру в виде резиновости по сравнению с gap?
Возможно, Вы в вопросе имели в виду не внутренний отступ padding, а внешний margin, так как расстояние между flex-элементами задает именно он?
На мой взгляд, причина использования margin вместо gap, чаще всего, банальная привычка. Свойство gap для модуля flex относительно новое и достаточно широкую поддержку браузерами оно обрело лишь сравнительно недавно.
Лично мне не известно о каких-либо преимуществах старого-доброго margin перед gap, в том числе в плане адаптива. Скорее даже наоборот - свойство gap имеет хорошее преимущество в том, чтобы задавать отступытолько внутри между элементами и не затрагивают отступ от крайнего элемента к стенке контейнера, избавляя нас от необходимости использовать в нем отрицательный отступ.
Возможно, для элементов внутри flex-контейнера я бы использовал margin в том случае, если по какой-либо причине расстояние между разными элементами будет не одинаковым и одно общее свойство gap не поможет. Но надо исходить из конкретной задачи