В данном случае Си имеет следующее преимущество перед C++: Gtk-классы созданные с помощью Си можно использовать в скриптовых языках, предварительно написав связку, либо воспользовавшись gtk gir. Не уверен, но на C++ этого вроде вообще нельзя сделать.
Сложилась традиция в gnome/gtk среде писать на Си. Так получилось в первую очередь из-за более простого связывания со скриптовыми языками программ на Си.
Недостатки использования Си также есть: код выглядит довольно страшно, приходится писать дополнительный вспомогательный код.
Оффтоп: Если вы начинающий программист, то советую начать с Си, т.к. он меньше и проще C++, но не менее мощен.