Хранение файлов программы

Привет. Пишу desktop-приложение. В папке

..../username/AppFolder/

создается файл с нужными данными для работы программы, но если пользователь полезет туда и изменит его, то программа работает уже некорректно. Как лучше хранить этот файл? Read-only не вариант, так как само приложение периодически туда дописывает информацию. Хотел хранить в самом JAR, но читал, что это плохой вариант.