Как показывает практика, знание, вернее понимание принципов программирования, таких как работа с массивами, строками, файлами, функциями и т.д., - это только самое начало долгого пути. :) Потому что между твердым пониманием написанного в книжке примера и пониманием и владением набором инструментов для написания своих программ большое "растояние", по крайней мере на начальном этапе. Поэтому советую после прочтения определенного количества материала, лучше с взглядом наперед, тут же пробовать свои силы на практике, не поверите, сколько поначалу, да и не только, возникает неожиданных вопросов, порой даже нелепых, но на фоне малого опыта, кажущихся очень трудными. Плюс практика, лучший способ как понимания, так и запоминания, наработки навыков: можно прочесть очень много литературы, но без практики так делеко и не уйти.
На счет выбора языка, тут вопрос на мой взгляд неоднозначный, с одной стороны, тот же С++ в полном его свете очень обширный, зачастую избыточный для многих задачь, но, в тоже время, требующий знания мелочей, так как без них ничего более менее стоящего не написать и не понять кода другого человека, писавшего до Вас. С другой стороны, существуют языки менее всеобъемлющие, более узкоспециализированные, так сказать, изучение которых займет меньше времени и скорее даст возможность писать реальные приложения. Хотя может и не раскроют всех сторон программирования как такового, тут решайте сами, что вам потребуется в будущем.
А вот на счет того, что инженеру потребуется знание и понимание алгоритмов постороения программных средств, это сто процентов, знание принципов, подходов, стратегий написания программ, очень важно, плюс умение правильно разбить, декомпозировать задачу - очень ценные и высокооплачиваемые навыки. Зачастую бывает так, что человек, из которого знания просто сыплются, изначально допускает обидные просчеты в выборе структуры своей будущей программы, за что в последствии и страдает, а часто и не он один:)
Если подытожить, советую обязательно уделить внимание общим стратегиям построения программ, тем более, что непосредственный труд программиста не предвидится, по крайней мере, в ближайшее будущее. Удачи.