Если брать в чистом виде, то,
Плюсы джава:
- выполнение джавовского байт-кода на порядки шустрее питоновского интерпретатора.
- статическая типизация в джаве способствует отлову множества ошибок на этапе компиляции.
- ООП в джаве очень хорошо проработан, по сравнению с довольно странной реализацией классов в питоне.
- неслабые возможности отладки в современных ИДЕ, заточенных под джаву (netbeans, eclipse, IDEA).
Плюсы питона:
- скриптовый язык не требует компиляции, следовательно просмотреть результат можно мгновенно после внесения изменений.
- куча приятных плюшек в плане синтаксиса, типа срезов массива и прочих фич по работе с коллекциями.
Итого. В каждом конкретном случае решает вопрос совокупность преимуществ, либо даже наличие всего одного преимущества. Зачастую мало меняющаяся и требовательная к скорости выполнения часть проекта крутится на джаве. а часто изменяемые компоненты делаются на питоне. Похожий подход кстати нередко применяют в игрушках: основу и графику пишут на С++, а игровую логику - на Python, Lua.
PS. Согласен на счет C# - шикарный потомок сишки + отличная ИДЕ. Но имеет массу недостатков как любой продукт МС. Платформозависим, изрядно дорог, перспективы зависят только от политики МС. Не-програмные недостатки т.с. :)