Как можно это сохранить чтобы после перезагрузки телефона, или перезапуска программы это

У тебя всё плохо. Архитектура плохая. Пути решения плохие. Я не могу смотреть на твой код и твои тщетные попытки изобрести очередной велосипед. Я просто покажу как делал я, когда писал свою одну программу для Андроида. Эта схема должна дать примерное понятие о том как надо восстанавливаться после поворотов экрана или закрытия. Хочу отметить, что объект preferences заполняется значения совершенно в других местах, а не в call-back методах. Например, у меня есть специальная активити, в которой я выставляю кучу настроек так как размер/цвет форму кисти.

    @Override
    protected void onCreate(Bundle in) {
        super.onCreate(in);
        if (in != null) {
            // этот блок выполняется когда произошёл поворот Activity.
            // Восстанавливаем из Bundle
        }else {
        // выполняется когда запущено первый раз. считывание из Preferences
        }
@Override
protected void onSaveInstanceState(Bundle outState) {
    super.onSaveInstanceState(outState);
    application.saveStack(undoStack);
    application.saveBitmap(editableBitmap);
    writePaintBrushToBundle(paintBrush, outState);
    writePaintTextToBundle(paintText, outState);
}
public static void writePaintTextToBundle(Paint p, Bundle bundle) {
    bundle.putInt(PAINT_TEXT_COLOR_KEY, p.getColor());
    bundle.putFloat(PAINT_TEXT_SIZE_KEY, p.getTextSize());
}
public static Paint readPaintTextFromBundle(Bundle bundle) {
    Paint p = new Paint();
    int color = bundle.getInt(PAINT_TEXT_COLOR_KEY,
            DEFAULT_PAINT_TEXT_COLOR);
    float textSize = bundle.getFloat(PAINT_TEXT_SIZE_KEY,
            DEFAULT_PAINT_TEXT_SIZE);
    p.setColor(color);
    p.setTextSize(textSize);
    return p;
}

Это примерно должно прояснить тебе как надо работать с Bundle и Preferences. Если до сих пор непонятно - я могу выложить полный код своей активити. Она большая (писал давно, вместе с антипаттернами), но могу указать на методы на которые стоит обратить внимание.