Во первых у меня получилось использовать только sftp подключение поэтому выбрал данную бибилиотеку, проблема в том что при переносе файлов на FTP данный код срабатывает вот так

enter image description here

то есть перед названием файла добавляется .\ и нарушается вложенность

import pysftp
cnopts = pysftp.CnOpts()
cnopts.hostkeys = None   
myHostname = ""
myUsername = ""
myPassword = ""

with pysftp.Connection(host=myHostname, username=myUsername, password=myPassword, cnopts=cnopts) as sftp:
    print ("Connection succesfully stablished ... ")
  
    localpath = 'E:/site/'

    remotepath = 'web/website.com/public_html/'

    sftp.put_r(localpath, remotepath)