Есть две ссылки на стили и скрипты:
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://sait.com/dir/style.css">
<script type="text/javascript" src="http://sait.com/dir/scripts.js"></script>
Закодировать ссылки можно функцией PHP base64_encode. Как нужно вставлять ссылки на стили и скрипты, чтобы они так и остались закодированными внешне для пользователя, но браузер их понимал?
Для этого придумали такую штуку как обфускация. Главное правильно использовать. Чтобы обфусцировать эти 2 строки, можно воспользоваться http://htmlobfuscator.com . В исходном коде они будут закодированы, но в ресурсах F12 (в хроме), пользователь сможет вытащить данные как минимум из CSS, а JS код тоже можно обфусцировать. Хотя наверняка есть "обфускаторы" и для CSS
Забудьте эту идею, она не принесет пользы, если пользователь захочет он узнает их без проблем, а себе вы только время уменьшите. Я не против вашей идеи, я за сохранность вашего времени!