Подскажите, какие файлы использовать при проектировании и для дальнейшей работы программы? Для примера, нужно иметь, файл в который будет записываться инф из таблицы в программе, а также считывать её, в эту же таблицу... Каким будет этот файл?.. Файл БД или какой-то другой (txt или свой формат)...
Да все, как всегда, зависит от требований к проекту. Также от языка программирования, хоть в общем-то большинство современных СУБД поддерживаются всегда, но работа с некоторыми более оптимизирована под определенную платформу.
Также советовал бы смотреть в сторону технологий, подобных db4o. Уж очень удобная система хранения, которая не требует проектировки БД. Зато имеет много основных функций СУБД. Но пока она только развивается.