Чтобы полноценно работать с MySQL в консоли, нужно просто запустить клиент mysql из командной строки. Проверить не могу, так как нет Windows под рукой, но быстрое гугление показывает, что искомый файл в инсталляции денвера должен лежать в /usr/local/mysql-5.1
или /usr/local/mysql-5.5
в зависимости от версии.
Внутри phpmyadmin, который в состав денвера входит и работает там из коробки, есть веб-консоль, в которой можно писать запросы.
Что касается второй части вопроса - установить на компьютер можно сколько угодно версий MySQL (по разным путям), но не очень понятно, зачем это конкретно Вам и при чём тут phpmyadmin.