Альтернативный вариант:
Приложение консольное, ну так и запустите его не двойным кликом, а по честному. Запустите консоль (cmd.exe), перейдите в папку с файлом вашего приложения и вызовите его явно по имени. Можно не переходить в папку приложения, а просто указать полный путь к файлу и вызвать откуда угодно.
В этом случае окно консоли будет принадлежать cmd.exe, а не вашему приложению и оно не закроется автоматически, как в случае с запуском приложения двойным кликом, а будет ждать дальнейших команд от вас. Собственно именно так и поступает студия, когда запускает приложение по кнопке run, только студия делает это все "за кадром".
Данный вариант более предпочтителен, чем явная постановка приложения на пазу путем добавлением подтверждения завершения работы пользователем, т.к. подтверждение не всегда уместно и в случае более сложного приложения, позволит увидеть причину незапланированного "вылета", если забыли обработать какую-то исключительную ситуацию например.