После переноса папки с проектом git все файлы отмечены как модифицированные

В процессе работы потребовалось переустановить систему. В проекте были правки, закоммиченные локально, не отправленные на сервер. Я скопировал рабочую папку с проектами на флешку, затем, после переустановки, вернул все с флешки, но путь до проекта немного изменился, пропал промежуточный сегмент. Команда git status в папке показывает, что модифицированными являются все файлы, при этом git log показывает мои коммиты, а так же сохранились неотслеживаемые файлы. Подскажите, как восстановить сделанное? Я работал с отдельной веткой, не с мастером