Это вирус. Возможно, вы добавляли на сайт, например, новые темы оформления. При их открытии запустился или сейчас постоянно запускается скрытый код, который насоздавал папок и изменил на них права. Открывайте каждый файл и смотрите функции типа eval(), их все надо удалить.
Обновление
Если не найдется, то стоит еще раз поискать повнимательнее. Возможно эти функции уже закачали код, который их удалил и разместил вместо них обычные Header(Location...). Хешкод не фриланс биржа, но смогу помочь, если обратитесь.
Обновление 2
Можно сохранить копию файла, удалить функцию и проверить работу сайта. Если что - восстановить копию. На что заменить неизвестные мне функции в неизвестном коде, советовать сложно. Да, и искать надо не только в js файлах, а в php коде тоже. При чем в коде php функции имеют доступ к изменению данных на сервере (что у вас и произошло).