объем базы и данный для синхронизации совсем разные вещи в данном случае)
почитайте про планы обмена в 1С станет немного яснее)
Вкратце объясню своими словами (может моментами не совсем прально но принцип один)- допустим вы совершили обмен с сайтом в 1.01.2014 в 1С это фиксируется. Далее все добавленные данный после последнего обмена попадают в следующий обмен) все измененные данные после 1.01.2014 тоже попадают в обмен. Поэтому у вас может база сама и не расти (кол-во записей не увеличивается) но много изменений было.
Еще такой момент 1С - система разрешает напрямую работу с базой только оператору SELECT (выборка). Операции удаления, изменения происходят только через объекты. То есть чтобы изменить 1 атрибут в модели вы сначала ее находите в базе и загружаете в модель - далее меняете атрибут и опять запрос на изменение.
А теперь представьте с сайта зашло на синхронизацию 100 строк (100 объектов) - в нормальной языке вы через проверки, модификацию пришли бы к 1-ому запросу UPDATE -послали его в базу и все) Но тут то 1С - она сделает как минимум 100 запросов - загрузить объект, 100 изменить данные объекта. И ето если у вас объекты не имеют ссылки на другие объекты (справочники, документы) - тут еще больше запросов.
Я бы подошел к проблеме так - в каком случае у вас база 1С является ведущей а в какой ведомой? ТО есть если на сайте товары не меняются и не добавляются - то гнать их из сайта в 1С обратно смысла нет. Если по заказам ситуация иная - то гнать из базы 1 С на сайт тоже смысла нет - меньше операций быстрее работать будет)
А трафик как приходит можете посомтреть ? может излишние данные приходят