В PHP есть расширения например php-apc и php-memcache. Их можно поставить из обычного репозитория или из PEAR/PECL . В чём смысл использования PEAR / PECL ?? насколько memcache из pecl стабильнее и насколько потребляет меньше ресурсов?? (актуально для ububntu 12.04 14.04 и PHP 5.3 и 5.5)
Что вы называете "обычным репозиторием": репозиторий пакетов операционки или репозиторий с исходниками конкретных библиотек (github, google code и т.п.)?
Менеджеры пакетов deb/yum ставят те же pecl-расширения. Разница в том, что менеджер пакетов будет поддерживать непротиворечивость версий при апгрейдах, а за тем, что вы качнули и собрали самостоятельно, вам придется следить также самостоятельно.
PEAR можно считать умер, лучше из него ничего не ставить.