Возмножно ли на уровне конфигурации EF сделать так, чтобы строки с флагом Deleted, например, были невидимы на всех уровнях?
Например, есть колонка Deleted и чтоб не проверять в каждом методе, отмечена ли она, сделать, чтоб EF просто не видел эту строку.
http://www.wiktorzychla.com/2013/10/soft-delete-pattern-for-entity.html
Статья, в которой описано решение проблемы, похожей на вашу.
Но все же лучше написать репозиторий, куда и вынести нужный вам функционал.
Написать свой собственный метод, например, entity.Get(), который тоже будет выбирать все записи, но с учетом IsDeleted, и от него потом отталкиваться при дальнейших выборках - entity.Get().Where(x => x ...).